Politiet fjernet henne og hennes medarbeidere fra finansdepartementet og deretter miljødepartementet, melder Reuters.
Thunberg sluttet seg mandag til demonstranter som krever fjerning av 151 vindturbiner fra reinbeite som brukes av samiske gjetere i Midt-Norge. De sier at overgangen til grønn energi ikke må gå på bekostning av urfolks rettigheter.
Demonstranter har blokkert tilgangen til noen regjeringsbygninger de siste dagene, og satt sentrum-venstre-minoritetsregjeringen i krisemodus og har fått energiminister Terry Asland til å avlyse et offisielt besøk til Storbritannia.
Norges Høyesterett avgjorde i 2021 at vindturbiner reist ved to vindparker i Fossen og en del av Europas største landbaserte vindkompleks krenket samiske rettigheter etter internasjonale konvensjoner, men de forble i drift i over 16 måneder senere.
Thunberg, som holdt et rødt, blått, gult og grønt samisk flagg, ble stoppet og ført bort av finansdepartementets politi da hundrevis av demonstranter ropte slagord.
Thunberg og andre demonstranter blokkerte deretter inngangen til klima- og miljødepartementet og ble igjen kastet ut av politiet.
Den svenske aktivisten ble løslatt kort tid etter sammen med andre arresterte demonstranter.
Reindriftsutøvere sier at synet og lyden av gigantisk vindkraft skremmer dyrene deres og forstyrrer århundregamle tradisjoner.
Formannen for Norges Sameting, et valgt rådgivende organ, møter energiministeren torsdag og krever en unnskyldning før man diskuterer en løsning.